Vatikan'a yakın basın yayın organlarında yer alan haberlere göre, Hollanda gazetesi De Groene, Belo'nun 1990'lı yıllarda reşit olmayan bazı kişilere yönelik suistimallerinin olduğunu, bazı kurbanların tanıklıklarından aktardı. İsmini vermek istemeyen tanıklar, Belo'nun istismarlarına maruz kaldıklarını ifade ederek, Katolik piskoposu cinsel suistimalle suçladı. Vatikan Basın Sözcüsü Matteo Bruni, şu an 74 yaşında olan Belo ile ilgili yaptığı açıklamada, Vatikan yönetiminden İnanç Doktrini Kongregrasyonu'nun bu konuyla 2019'da ilgilendiğini ve suçlamalar nedeniyle Eylül 2020'de piskoposa bazı disiplin kısıtlamaları getirildiğini, Kasım 2021'de ise bu tedbirlerin daha da sıkılaştırıldığı bilgisini paylaştı. Bruni'nin sözünü ettiği disiplin tedbirlerinin, Belo'nun reşit olmayanlarla görüşmesinin önlenmesi olduğu belirtildi. Kendisi de Doğu Timorlu Katolik bir piskopos olan Belo, 1996'da ülkesindeki sorunların çözümü için verdiği mücadeleyle Nobel Barış Ödülü'ne layık görülmüştü.